部也经常插手苏松的事务，主要是南京户部和南京兵部，他们在职责上确实是可以干预苏松巡抚的行政。

南京户部最重要的职责就是负责征收南直隶及附近浙江、江西、湖广各省的赋税，除一部分留作自支外，另一部分则输送京师。可以说，南京户部掌握了全国的财赋命脉，可见它在全国经济运营中的重要作用。南京户部的另一重要职责是管理和收藏全国黄册。所谓黄册，即赋役黄册，记载天下人口的户籍、里甲、赋役等情况，册面黄纸，因此称为黄册。黄册每十年更定一次，并收藏于南京后湖，由南京户部保管和统计。

而南京兵部则负责南直隶的兵防，南京兵部最重要的职权是军事职权，主要负责南京及附近地区的兵防守备。南京兵部的行政职权，指的是会同南京中军都督府一道行使对于南京及南直卫所军官的考核、任用、裁撤，以及负责南京地区的武学和武举等。南京兵部的后勤保障职权，主要指的是管理南京及南直隶的官船、官马、驿站等。

南京六部在行使职权的时候或多或少的会和苏松巡抚打交道，再加上南京和苏松地理上的相近，所以南京六部对于苏松的治理形成了掣肘，这点也确实是一个大问题，朱载坖准备在这次大计中也要解决这个问题，对于南京六部的职权予以明确，作为朝廷安排在留都得一套行政机构，南六部确实有存在的必要，但是南六部的一些职权应当予以明确，不能够因为南六部影响到了朝廷的行政，同时对于苏松等经济发达地区，也要采取不同的管理办法了。