现在朱载坖还要求巡按御史承担起更大的职能来，显然对于巡按御史来说是有些力不从心的，因为巡按御史的主要职能是监察，而不是司法，他们在地方更多的是监察官员是否有违法行为，这点是非常之重要的，御史是风险官员，并不是法司官员，这点定位是要清楚的。

虽然御史们在履行监察职能的时候不可避免的要接触司法，甚至巡按御史在履行职能的时候很重要的一项工作就是平反冤案，受理辖区百姓对于地方法司审判案件不公的申诉，按照朝廷规定，对于地方法司审理不公的，可赴按察司及巡按监察御史处陈告诉冤。巡按御史及按察司官即与受理推问。经审理裁断后，民诉冤抑如果得实，则将原审主管官吏依律究治。对于应请旨者，须具实奏闻。若原审未经结决，当事人又赴本管上司告理，巡按御史及按察司官不得辄便受状追卷或变易是非，须即时附簿，将卷宗材料发于原审衙门，令其在规定期限内立限归结。

但是总的来说，巡按御史行使的是监察权，即便是在涉及司法案件审理的过程中巡按御史介入了，更多的是行使的抗诉权而非公诉权，这个权力，确实不应当巡按御史在行使，而且巡按御史也确实没有那么多的精力在处理普通刑事案件，需要在都察院下成立一个专门的部门予以负责。

在和阁部重臣还有翰林院等予以商量之后，朱载坖决定恢复检事御史，在都察院下设检察总署，为从二品衙门，由左副都御史执掌，所谓检事御史，按后汉书所言就是：“御史检事，移付司直。”其职能就是是将所要纠劾的事项与典章律令相对照，如果查验出有违制的情况，就依照律令典章的规定移交有关部门处理。

朱载坖取检事御史的检和察，成立新的部门，也就是都察院检察总署，所谓察，覆审也。这就凸显了检查总署的职能，就是对于地方巡检司、州县官府从破获的案件，由这些检事御史和下属的检事们再次审核，要达到律令所规定的证据清楚，事实确凿，才能够由检事御史或者是检事们向大理院等审判机关提起官纠举，追究相关人等的责任。

而和大理院一样，检察总署也是三级设置，在都察院设立检查总署，负责与大理寺相制衡，而在各省直设立检查厅，负责处理本省直的各类刑事案件，在府州设立检查分司，负责处理本辖区的刑事案件，由检查分司派出检事轮流在各县审查案件，对于各县尉、同知等移送的认为已经侦破的案件，检事要详细审阅案卷，提审当事人，确认明白无误之后，才能够提起官纠举，移送大理分司予以审断。

同时将原本属于刑部的律例馆移交给翰林院，由翰林院领导，负责对于律例的修订和解释。

而除了之后，朱载坖还要求制定诉讼法，也就是所谓的诉讼则例，在原问刑条例的基础上予以修订，对于各级法司机关能够受理的案件，都予以详细的规定，根据可能判处刑罚的轻重还有所涉及的类型以及民事案件的金额等，确定初审法司，朱载坖规定实施复审-复审制度，也就是两审定谳，对初审不服的可以向上一级的法司请求复审，两审定谳之后，仍旧不服的，可以向大理院或者是检察总署京控，而死刑必须由大理院复核之后才能够执行。

而在军中则是由卫尉寺和锦衣亲军行使审判和侦查职能，清军御史代行检查职能，建立起一套相对完善的司法制度，通过对于司法制度的重塑，朱载坖想要达到的是将司法权力上收，同时以对于司法机构的改革推动整个大明官制的改革，由于法司的专门性，检事、推官等司法官员，必须由明法科出身，同时法司、监察官员犯脏罪，加三等处罚。

朱载坖关于三法司的改革旨意下达了之后，州县正印官反而是最开心的，虽然看似朝廷将原本属于州县正印的司法权拿走了，但是对于州县正印官来说，他们反而从这些庞杂的案件中得以脱身，不再处理